Die vorliegende Erfindung liefert Enzymkonjugate, die hoch spezifisch mit Ziel-DNA wechselwirken, sowie Verfahren zur Herstellung dieser Enzymkonjugate. Ein Enzym wird mit einem Spezifitätsanker über einen Linker kovalent zu einem Enzymkonjugat verknüpft. Bei den Spezifitätsankern handelt es sich z.B. um Oligonukleotidderivate oder Peptidnukleinsäuren, die benachbart zur Erkennungssequenz für den Enzymteil eine Triplex-Bindungsstelle (TFS) auf der Ziel-DNA aufweisen. Dabei legen der Spezifitätsanker und der Linker fest, an welcher Stelle der Ziel-DNA und in welchem Abstand zum Enzymanteil die Triplexbildung zwischen TFS der Ziel-DNA und Triplex-bildenden Spezifitätsanker des Konjugates erfolgt. Die Spezifität eines derartigen erfindungsgemäßen Enzymkonjugates kann daher „programmiert“ werden, so dass es auf der Ziel-DNA im Idealfall nur noch eine einzige Erkennungssequenz für das Enzymkonjugat existiert. Selbst wenn die Erkennungssequenz für das Konjugat mehr als einmal vorkommt, ist die Anzahl derjenigen Stellen der Ziel-DNA, an die das Konjugat bindet, signifikant geringer als die Zahl der Erkennungssequenzen für das unkonjugierte Enzym.